本发明公开一种多主体能源系统互动运营协调控制方法及系统，包括：根据每个主体能源系统内电力设备运行状态数据和负荷需求数据，构建区域能源互联网联合投标模型；根据多主体能源系统互动运营特征解列联合投标模型，构建主体能源系统间的P2P交互约束，得到基于P2P交互的多主体能源系统分布式投标模型；采用替代式梯度算法对分布式投标模型进行求解，得到不同主体能源系统的交互功率，并以此得到区域能源互联网的互动运营协调控制方案。实现分布式运营下的区域能源互联网的整体控制，从区域能源互联网整体视角设计每个主体能源系统的运营控制方法以及对不同主体能源系统交互运营的协调控制，协调控制多重主体能源系统实现有效能源互动。