本申请提供了一种基于区块链的跨域分布式身份认证方法及系统，该方法中，由第一分布式身份客户端生成与用户在其所属部门的原有身份认证系统中的身份标识具有差异的跨域分布式身份标识符及跨域公私钥对，然后由第一分布式公证人客户端及第一公证人服务节点将跨域分布式身份标识符和跨域公钥写入区块链分布式跨域公证身份账本上，实现用户的跨域身份数据的共享；最后获取跨域身份令牌和跨越身份凭证以便在第二公证人所在的业务部门进行安全身份验证。并且，通过生成与原有身份认证系统中的身份标识具有差异的跨域分布式身份标识符和跨域公私钥，保证各交叉业务部门原有身份认证系统的独立性，保持各部门的原有数据身份相对其他业务部门的隐私性。