本发明属于农业肥料技术领域，涉及一种降低化学杀菌剂农药施用量的烤烟基肥及其制备方法和应用。该烤烟基肥按干基重量份计，包括烟草种子油0.1～1份，烟草种子粕5～40份，葵花秸秆碳化物5～150份，三段式转化风化煤5～40份，微生物菌剂0.01～1份，硝酸钾20～50份，钙镁磷肥5～50份，硅钙钾镁肥0～40份，矿物钾0～60份，硫酸钾0～16份，制备得到的烤烟基肥用于减少防治烟草根黑腐病、黑胫病和青枯病所用的化学杀菌剂的施用量，可将化学杀菌剂的施用量减少50％～100％，同时不会引起土壤酸化和板结，并逐渐改善已经酸化和板结的土壤性状，降低根茎类病害的发病率，从而降低农药残留量，提高农产品安全性。