本发明涉及医疗设备技术领域，具体地说是一种用于流式荧光点阵仪的激光器及控制方法。该用于流式荧光点阵仪的激光器包括壳体、准直组件、PCB板和制冷机构，所述准直组件、PCB板和制冷机构均设于壳体内，制冷机构位于准直组件下方，所述准直组件包括准直筒、激光源和透镜，所述准直筒在轴向上设有阶梯通孔，所述阶梯通孔上设有第一台阶和第二台阶，所述激光源卡于第一台阶上，并通过激光源锁紧环固定，所述透镜设于透镜调节套内，透镜调节套卡于第二台阶上，并通过透镜锁紧环固定，壳体上表面设有上盖，壳体其中一个侧面设有后盖，所述壳体的其中一个侧面上设有第一透光孔，所述第一透光孔与激光源位于同一轴线上。