本发明公开了一种双源质子治疗系统及控制方法，属于生物（医疗）技术领域，该系统特点：在第一加速器10和第二加速器20之间设有一套用于实现消色差传输束流的公共束流线、以及相应的治疗控制系统，该公共束流线以及治疗控制系统用于将原有独立的两套质子治疗系统有机融合在一起。该方法特点：实现加速器和治疗室的组合配对；配对后，下载这一组束流线的磁铁电流参数、控制当前束流线的走向，同时，治疗室向其加速器提出流强控制请求；该磁铁电流参数为对应当前治疗室能量、且和当前降能器降能数值相匹配的电流参数；加速器对当前治疗室提供所需要的能量和流强。本发明将两套独立治疗系统，既能互为备份，又能交叉供束，为真正意义的有机融合。