本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种α‑1,3‑岩藻糖基转移酶突变体及利用该突变体制备3‑岩藻糖基乳糖的应用。α‑1,3‑岩藻糖基转移酶突变体与SEQID NO:1具有至少90％的核苷酸序列一致性，且包含以下至少一个或多个位置的突变，所述的突变位点包括SEQ ID NO:1的第46、128、129或132位中的至少一个或者对应的位置，突变为在所述的突变位点上发生取代、插入或删除一个或多个氨基酸残基。本发明制备的α‑1,3‑岩藻糖基转移酶突变体在在基因工程化的细胞中合成3‑岩藻糖基乳糖产量可高达10.96g/L，比野生型菌株FutA提高了64.5倍，提升3‑岩藻糖基乳糖产量的效果显著。