本发明公开了一种内切纤维素酶基因egI及其编码的蛋白与应用。本发明的内切纤维素酶基因egI，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示所示；该基因编码的蛋白即为内切纤维素酶EGI。从EGI的酶促反应动力学分析可得其水解CMC的最大反应速率达22.2 mg·min‑1。酶学结果分析表明：在pH 3‑4时，EGI水解CMC每分钟可产生的还原糖含量最高值高达21.4 mg·mL‑1，属于酸性内切纤维素酶；温度达100℃时，EGI水解CMC每分钟产生的还原糖含量可达12.4 mg·mL‑1，在高温下仍有较强的活性。本发明为农业废弃物的资源化利用、生态农业的发展提供了理论基础和技术保障。