本发明公开一种鱼类洄游轨迹实时定位与保护装置，包括刚性保护套筒，刚性保护套筒底端固定连接有底端盖，底端盖中心开设有通孔；刚性保护套筒顶端可拆卸连接有顶端盖，顶端盖底端中心可拆卸连接有GPS放置盒，GPS放置盒内安装有GPS定位器。本发明公开的一种鱼类洄游轨迹实时定位与保护装置为对主流超声波接收装置设计的保护装置，不仅为超声波接收装置增加了GPS的定位功能，能对被标记鱼类以及设备安置进行GPS定位，便于鱼类洄游轨迹的生成以及设备的追踪，而且能保护超声波接收装置不受磨损或其它生物附着，保障设备的正常使用。