本申请提供一种自抗扰控制方法、装置、控制系统及存储介质，该方法包括：获取控制系统中的当前设定值、当前被控量以及控制器的当前工作模式和当前控制量；在当前工作模式处于死区模式时，利用当前被控量，对控制器的第一扩张状态变量更新；根据当前设定值、更新后的第一扩张状态变量和当前控制量，对控制器的第二扩张状态变量更新，以使控制器在退出死区模式时，根据第一扩张状态变量、第二扩张状态变量和当前控制量对目标执行机构进行控制。在控制器处于死区模式下，对第一扩张状态变量和第二扩张状态变量进行实时更新，避免了对控制系统产生额外的扰动，提高了自抗扰控制方法的可靠性，保证了控制品质，为提高控制系统的安全性奠定了基础。