本发明公开了一种牲畜进出口快速检验检疫系统，包括：门禁、检疫通道、RFID读/写卡装置、智能检疫系统；检疫通道包括若干通道单元，每一个通道单元的宽度可调，以供牲畜通过且可限制其转身，通道单元间可拼接组合，在出口检验时采用各通道单元并行模式以便于出口检疫数据备案，在进口检验时采用各通道单元串行模式以便于进口检疫快速审核；在检疫通道内设有机器视觉装置用于采集通道单元内牲畜的正面及侧面轮廓，门禁为透明材质设置在检疫通道尽头处；在各牲畜上设置有ID卡，机器视觉装置、RFID读/写卡装置、ID卡均可与智能检疫系统通信。本发明可以实现快速可靠的牲畜出口记录、运输监管以及进口检疫。