一种基于能量注入的含IIDG配电网谐波差动保护方法及系统，在IIDG电流内环控制器中添加间歇式注入高次谐波能量，各分布式电源每次注入的特征信号长度为40ms，注入信号量大小为10％的IIDG内环控制电流参考值，采用FFT的信号采集方法，进行基于特征信号的配电网主动注入式保护和/或基于多IIDG特征信号的主动式保护。本发明通过IIDG的主动参与保护使得保护更具灵活性。以DG并网点电能质量合格且IIDG输出功率不越限为约束，选择IIDG电流内环注入特征高次谐波能量，并确定了能量主动调控的启用时机和有效作用时段，构建起IIDG并网逆变器主动作用机制。