本发明涉及一种双有源桥变换器有源软启动方法、系统及存储介质，其包括：启动双有源桥变换器后，判断是否满足预先设定的第一阶段启动条件；确定第一阶段初始的外移相比D0，原边内移相比D1和原边内移相比D2；判断是否达到第一阶段与第二阶段之间的临界状态，达到临界状态后，判断是否满足预先设定的第二阶段启动条件；第二阶段启动后，确定该阶段的双有源桥变换器的外移相比D′0，原边内移相比D′1和原边内移相比D′2；当副边母线电压上升到额定值后，完成双有源桥变换器的软启动。本发明通过采集原副边电压，对启动过程中每个开关周期的外移相值、原边内移相值、副边内移相值进行精确控制，实现每个周期的最大功率输出。