本发明提供了一种基于Th‑U自持循环的99Mo次临界生产装置，包括加速器系统、99Mo生产系统和分离纯化单元；加速器系统用于加速、运输离子束流，并产生中子；99Mo生产系统从内到外依次包括中子倍增层、232Th‑233U盐溶液、中子反射层和屏蔽层；中子倍增层用于产生高中子通量；232Th‑233U盐溶液用于233U(n,f)99Mo反应生产99Mo，同时，中子与232Th反应转化为233U，以达到Th‑U自持循环；分离纯化单元用于99Mo的分离提纯。本发明还提供了一种99Mo次临界生产方法。本发明结构工艺简单、成本低、99Mo产量高，且满足Th‑U自持循环，15年内无需额外添加燃料。