本发明提供一种多清灰器协同控制方法及系统，应用于SCR脱硝反应塔中耙式清灰器的清灰控制，属于环保技术领域。多台清灰器通过各自的控制线路连接至主控制回路中的一台变频器，所述方法包括：响应于远程模式触发信号，根据预设规则控制各清灰器进行移动清灰工作，其中，在控制任一清灰器开始工作之前：确定所述变频器与上一清灰器断开连接；确定所述变频器与该清灰器建立连接。本发明方案实现了通过一台变频器进行多台清灰器控制，保证脱硝系统同时只有一台清灰器工作，同时极大缩减了运行成本，提高了变频器的使用效率。