一种软式内镜自动对接转运柜，属于医疗器械技术领域。包括外壳（1）和其内部的主框架，在主框架内设置有舱体（11），其特征在于：所述主框架放置在AGV小车（4）上；在舱体（11）内设置有清洗架（10），在清洗架（10）的底部设置有驱动清洗架（10）的架体驱动机构，在清洗架（10）的侧部设置有与软式内镜一一对应的清洗接头（23）；在外壳（1）上设置有与舱体（11）位置内外对应的升降门（2），在主框架的上方设置有升降驱动机构。在本软式内镜自动对接转运柜中，过清洗架实现了软式内镜的自动对接和转接，消除了现有技术的转运方式中容易对软式内镜造成污染的风险，同时降低了人工的劳动强度。