本发明提供了一种实现两套立式多层腔体不同层间独立连接的方法及其装置，两套立式多层腔体分别为立式N层输出腔体和立式N层输入腔体，立式N层输出腔体的层数编号随高度从高至低增加，立式N层输入腔体的层数编号随高度从高至低减少，立式N层输出腔体与立式N层输入腔体相同编号的层数通过通道相连接，即立式输出腔体与立式输入腔体需要在高度方向上实现完全交叉的连接，共有N套连接通道，N套通道包括连接第M层输出腔体和第M层输入腔体的通道，以满足N套通道完全独立隔开且互不影响，其中，4≤M≤N。本发明能够实现气体从一套立式腔体的一层移动至另一套立式腔体的不同高度的一层，且能够实现各层气体的移动完全隔开，互不影响。