本发明公开了一种GNSS掩星临近空间气候数据反演方法及系统，该方法包括：获取多源GNSS掩星观测数据、时空数据和空间环境数据并进行预处理；从预处理后的数据中获取双频弯曲角数据，掩星几何参数，电离层、地磁场和太阳活动强度空间环境数据；基于GNSS掩星数据源时空数据和气候分析任务选取GNSS掩星观测数据并进行分组，划分为多个数据集；基于各数据集的双频弯曲角数据和掩星几何参数计算弯曲角廓线；基于掩星几何参数，电离层、地磁场和太阳活动强度空间环境参数计算弯曲角残差廓线；基于双频线性组合弯曲角廓线和弯曲角残差廓线计算弯曲角均值廓线；基于弯曲角均值廓线和掩星几何参数，采用Abel积分变换算法反演GNSS掩星临近空间气候数据集。