本发明提供了一种天然气水合物的饱和度估算方法及系统。方法包括：获取待测地层的测井数据以及弹性参数；分别计算待测地层的预测纵波速度及预测横波速度；当饱水层段每个深度点的预测纵波速度与所述饱水层段实测纵波速度的误差、预测横波速度与饱水层段实测横波速度的误差均最小时确定临界孔隙度及在所述临界孔隙度处的配位数，重新计算待测地层的预测纵波速度及预测横波速度，并根据重新计算的预测纵波速度估算每个深度点的第一水合物饱和度，以及根据重新计算的预测横波速度估算每个深度点的第二水合物饱和度并获得该水合物饱和度。本方法估算精确度高，对水合物储层储量评估及后续勘探开发有积极的指导作用。