本发明涉及一种柔性直流补偿控制方法及系统，当受端电网发生故障后将柔性直流故障侧换流母线的电压测量值大于第一电压设定阈值时，计算柔性直流故障侧换流站的有功电流补偿量和无功电流补偿量，获得补偿后的有功电流指令值和补偿后的无功电流指令值，根据第一有功电流指令值和第一无功电流指令值对柔性直流故障侧换流站进行控制，通过合理修正柔性直流换流站的有功、无功电流指令值，提高了交流故障下柔性直流系统的无功支持能力与系统抵御换相失败的能力；当电压测量值不大于第一电压设定阈值时，设置柔性直流故障侧换流站的有功电流指令值为故障电流限值，无功电流指令值为0，抑制了柔性直流故障下的过流，实现故障安全穿越。