本发明涉及功能性食品领域，具体涉及一种乳酸菌组合物及其制备方法，该乳酸菌组合物包括：嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)MN002，已保藏于中国普通微生物菌种保藏中心，其保藏编号是CGMCC NO.3817；还包括其他活性物质，该乳酸菌组合物不仅对便秘和结肠炎具有显著的疗效，而且能够靶向改善多种便秘和结肠炎特征性的肠道相关菌群，提升多种有益菌丰度，降低多种有害菌丰度，维持肠道菌群的平衡，从根本上极大提高了恢复肠道菌群的健康化、多样化，具有食用方便、治疗简单、缓解率高、无毒副作用的优点。