本发明提供了一种胍盐基低共熔溶剂制备抗菌纳米纤维素的方法，属于抗菌材料技术领域。本发明以胍盐作为氢键受体，以多元酸作为氢键给体，二者组成的低共熔溶剂能够对脱半纤维素的植物纤维进行溶胀，能够通过断裂木质素中的醚键使得木质素快速解聚，并可减少常规碱脱木质素或酸脱木质素过程中产生的木质素二次缩合和沉积问题，提高脱木质素效率；同时，在加热条件下，多元酸会与纤维素发生酯化反应而键合到纤维素纤维表面，另一端带负电荷的羧基则会与带正电荷的胍盐发生静电吸附作用，使胍盐在纤维表面得以固着，从而赋予纤维良好的抗菌性能，经球磨或高压微射流均质处理后，能够得到具有抗菌性能的纳米纤维素。