本发明提供了一种无干涉五轴扫描轨迹生成方法及系统，涉及五轴扫描测量轨迹生成技术领域，该方法包括：步骤S1：将待扫描测量的三维自由曲面通过中轴线提取算法，提取其表面中轴线作为引导线；步骤S2：根据步骤S1中引导线上不同点的可行区域，计算确定测座可行区域的最优像素位置，进而对可行区域的最优位置进行拟合，确定最优控制点数量，获得平滑光顺且无干涉的测座扫描轨迹。本发明能够通过分析引导线上前一点的可行区域边缘位置的干涉情况，快速获得下一点的可行区域，极大的降低干涉检查的计算量；且能够确保轨迹无干涉情况下尽可能的光顺。