本发明属于材料分析技术领域，公开了一种利用扫描电镜及能谱仪的材料组织定量分析系统，包括：材料预处理模块、能谱图像获取模块、定量测量模块、图像处理模块、中央控制模块、区域划定模块、亮度阈值选取模块、划定区域测定模块、测定结果分析模块、显示与存储模块。本发明提供的利用扫描电镜及能谱仪的材料组织定量分析系统进行材料的预处理实现材料样本的获取，减少进行测定中的干扰，进行测定的结果更准确；扫描电镜分辨率高，可以在亚微米级尺度上显示组织细节，衬度明显，测量精度高；利用扫描电镜背散射像的成分衬度差，可以直接对不同成分的相进行定量分析，适用性广，适合各种金属材料、钢铁产品、矿物及耐火材料，测量操作快捷、方便。