本发明公开了一种易形成芽孢的凝结芽孢杆菌的筛选方法，属于微生物技术领域。其包括以下步骤：将复壮后的凝结芽孢杆菌重复进行多次水浴‑平板筛选，直至凝结芽孢杆菌的芽孢率不低于95％。上述方法通过对复壮后的凝结芽孢杆菌进行水浴法筛选产孢个体，再通过固体平板培养筛除未形成芽孢的个体，重复进行多次水浴‑平板筛选可提高其遗传稳定性，最终筛选得到易形成芽孢的凝结芽孢杆菌菌体，在保证其产量的同时提升发酵后的芽孢率。该方法简单，操作便捷，能提升凝结芽孢杆菌形成芽孢的能力，菌种不易退化，可大幅度提高凝结芽孢杆菌在高温制粒、长期保存时的存活率，适合大部分常见发酵工艺，有利于推动凝结芽孢杆菌的生产应用。