本发明公开了一种岩溶地区桩孔水磨钻施工工法，涉及复杂地形的铁路或公路施工领域。该工法包括施工前期工序、水磨钻施工工序和特殊情况下的防护施工工法。施工前期工序包括施工准备、测量放线、开挖施工平台、桩位锁口施工及布置蓄水池；水磨钻施工工序包括水磨钻钻孔、钻取四周岩石、钻取中间岩石、手电钻打孔、插入钢楔、击打钢楔分裂岩石、人工装渣、桩孔修正及下一循环的施工及成孔检查与验收；特殊情况下的防护施工工法包括岩壁开裂、岩壁塌方及桩孔出现土洞、溶洞三种情况。本发明施工成本低，可节约施做桩孔护壁成本；工艺简单，易于学习掌握，便于推广，成孔精度高；有效减少桩孔孔壁岩体开裂、塌方等问题。