本发明公开了一种确定复杂间隙结构操作冲击放电电压的方法及系统，属于高电压与绝缘技术领域。本发明方法包括：根据复杂间隙结构的工程设备的布置方案，将间隙结构离散为多个典型间隙结构；进行典型间隙操作冲击试验获取校正试验数据；对典型间隙结构进行拟合，确定放电电压计算公式；根据校正试验数据和标准气象下50％操作冲击放电电压计算公式，确定正态分布模型；根据正态分布模型确定放电电压概率密度函数及间隙闪络概率公式；根据密度函数及间隙闪络概率公式，确定放电二项分布模型；根据二项分布模型及间隙闪络概率公式，确定复杂间隙结构50％操作冲击放电电压。本发明显著提高了复杂间隙结构50％操作冲击放电电压计算的便捷性。