本发明公开了一种电力电子变压器运行可靠性的测试方法和系统。该电力电子变压器包括高压交流端口、高压直流端口、低压直流端口和低压交流端口；该测试方法包括:将高压交流端口、高压直流端口、低压直流端口和低压交流端口中至少一个作为电源侧，输入相应的电源；在低压直流端口接入负载，逐渐加至满载运行设定时长后，测量电力电子变压器的状态参数；在低压交流端口接入负载，逐渐加至满载运行设定时长后，测量电力电子变压器的状态参数；在低压交流端口和低压直流端口均接入负载，逐渐加至设定负载量运行设定时长后，测量电力电子变压器的状态参数。本发明实现了对电力电子变压器可靠性的检测，达到更加全面且准确的效果。