本发明的一种多区域柴油车污染物排放因子预测方法及系统，包括获取各区域的监测数据，并进行归一化数据处理；把处理后的数据输入事先训练好的以城市公共监测数据集以及该m个区域的监测数据集建立的该城市移动源污染监测影响因素和污染排放物因子关系的预测模型，对污染物排放因子进行预测；训练好的预测模型为一个全连接神经网络，总调度中心以及m个区域的污染物排放因子预测网络结构均相同，该网络包含三个全连接层Fc1、Fc2和Fc3；输入输出维度依次为(9,32),(32,8),(8,1)，分类器输入x，输出污染物排放因子y。本发明能够在保护各区域数据隐私的情况下，完成一种多区域柴油车污染物排放因子预测方法与系统，并且充分考虑到各区域间数据分布存在差异的问题。