本发明的一种数据分布自适应的跨区域尾气排放预测方法及系统包括以下步骤，对已知区域站点的尾气数据以及与尾气排放相关的数据，进行预处理得到目标域数据；使用卷积神经网络在该数据集上构建尾气浓度预测模型；训练得到目标区域尾气浓度的估计值数据，并按照设定标准将尾气浓度划分等级；基于数据分布自适应最小化源域尾气数据和目标域尾气浓度估计值数据的边缘和条件概率，消除两个域之间的差异；再次将目标区域数据输入训练过后的尾气浓度预测模型，得到预测结果。本发明基于数据分布自适应尽可能地缩小源域和目标区域的差异，使训练模型能够更好地适用于不易直接获取尾气数据的目标区域，实现对目标区域的尾气浓度预测效果。