本发明涉及一种主动配电网三相不平衡治理方法及系统，属于电力系统自动化技术领域。方法包括：当电网出现三相不平衡时，获取有源滤波器直流侧的实际电压；根据实际电压和目标电压计算出电压偏差和偏差变化率；将电压偏差作为PI控制器的输入进行PI调节；并将PI调节结果进行PWM调制，按照调制结果控制电网中有源滤波器进行不平衡治理；PI控制器中的比例系数根据比例系数变化量和比例系数初始值得到，积分系数根据积分系数变化量和积分系数初始值得到；比例系数变化量和积分系数变化量根据电压偏差、偏差变化率以及模糊关系确定。本发明通过模糊控制对PI调节的比例系数和积分系数进行优化，提高PI调节的准确性，提高三相不平衡治理的准确性。