本发明公开一种酸性低放废液的处理方法，包括：将酸性低放废液进行多级酸分离处理，分离出浓液硝酸，得到淡废液；再将所述淡废液进行多级精处理，分离出核素，得到净化液。本发明还公开一种酸性低放废液的处理系统，包括酸处理装置、精处理装置，酸处理装置用于对酸性低放废液进行多级酸分离处理，分离出浓液硝酸，得到淡废液；精处理装置与酸处理装置相连，用于分离所述淡废液中的核素，得到净化液。本发明还公开一种核燃料后处理厂系统。本发明能够有效去除酸性低放废液中的放射性核素和分离出硝酸，得到含盐量低的净化液，可满足排放要求，避免对环境造成污染，还可以减少适合核燃料后处理厂对新鲜硝酸的使用量，降低成本。