本发明公开了一种全覆盖的移相变压器差动保护方法及系统，涉及移相变压器差动保护技术领域。所述方法包括：根据移相变压器等效模型，得到移相变压器一次侧电平衡差动电流、移相变压器二次侧电平衡差动电流、串联变压器磁平衡差动电流和并联变压器磁平衡差动电流；当移相变压器一次侧电平衡差动电流、移相变压器二次侧电平衡差动电流、串联变压器磁平衡差动电流和并联变压器磁平衡差动电流中，任一项超过对应的预设阈值，则判断移相变压器发生故障，并控制保护动作出口跳闸。本发明针对移相变压器的结构特点和电流关系，构造出两个磁平衡方程和两个电平衡方程，是一种能够全覆盖所有故障点的移相变压器差动保护。