本发明涉及微生物肥料制备技术领域，为了解决复合微生物肥料储存时间短的问题，提供了一种复合微生物肥料及其制备方法，所述一种复合微生物肥料，包括肥料芯和包覆在肥料芯外的包膜，且肥料芯和包膜的重量比为100：（0.3‑1）。本发明以白僵菌和苏云金芽孢杆菌混合得到的混合菌剂作为本发明复合微生物肥料的微生物菌剂，本发明制备的复合微生物肥料施撒作用时，白僵菌和苏云金芽孢杆菌与有机质、无机营养进行结合，及对作物及土壤起到协同增效的作用，更加促进植株根部对复合微生物肥料和土壤中养分的吸收，施肥效果更佳。