本发明提供了一种采用基准样品对同系列化合物进行定量和评价的方法；包括制备基准样品，基准和待测样品基质相同，且涵盖了各个待测样品中所有目标分析物；在待测样品中分别加入同位素标签b，在基准样品中加入同位素标签a；混合后进行质谱分析，得到和目标分析物一一对应的系列内标物和目标分析物的峰面积信号；同时，通过衍生试剂标签产生的特定质谱信号，提取所有的系列目标分析物和对应的内标物信号，将复杂样品中的系列化合物形成了一一对应的标准数据集，通过算法、数学变换或者模型来评价待测样品。本发明解决了复杂样品系列化合物参考区间确定过程复杂，需要标准品和内标以及基质干扰等系列的问题，且具有灵敏度高、可靠性高等优点。