本发明涉及一种模块化多电平变流器的电容电压均衡控制系统、方法，用于模块化多电平变流器任意一桥臂的控制，系统包括：能量均分控制模块：用于桥臂中各子模块能量的均匀分配，能量均分控制模块进行能量均匀分配后输出电容能量平均控制调节量；电压均衡控制模块：用于控制桥臂中各子模块的电容电压跟随其参考值，电压均衡控制模块输出电容电压平衡控制调节量；调制波生成模块：用于基于电容能量平均控制调节量、电容电压平衡控制调节量产生调制波；CPS‑SPWM调制模块：进行CPS‑SPWM调制生成桥臂中各子模块功率器件的开关信号，控制各子模块的投入与切除。与现有技术相比，本发明实现子模块电容电压的均衡控制，控制效果好。