本发明涉及一种破胸种子透水营养富集强化方法，属于作物营养强化技术领域。为解决现有作物营养强化损失大、成本高、周期长的问题，本发明提供了一种破胸种子透水营养富集强化方法，包括作物种子装袋码放；浸种水对种袋进行自下而上的循环透水浸种，直至种子萌发达到破胸状态；通过水泵使营养强化液对种袋进行自下而上的循环透水，使得芽种内新增微量营养素含量达到相对饱和状态即完成种子破胸后发芽全过程营养富集强化。本发明通过营养强化液自下而上的循环透水进一步提高了作物芽种中微量营养素的强化富集效果，营养物质损失小，营养富集成本大幅降低，营养富集效率和可吸收的营养形态转化率大幅提高，与杂交育种相比营养强化周期大大缩短。