本发明公开一种城市黑臭水体污泥的处理及再利用方法，属于环境保护技术领域，本发明利用的微生物复合絮凝剂是按照如下重量份的原料混合制备：3～5份聚合氯化铝、1～2份微生物混合菌液、3～7份调制剂、10～25份填料；所述微生物混合菌液包含褐球固氮菌、红色酵母菌、光合细菌、产碱假单胞菌；将所述微生物复合絮凝剂用于处理城市黑臭水体污泥，效率高，操作方便，同时对污泥和污水中的异味降解效果好，实现污泥除臭净化；且净化脱水后的水体底泥能够回收再利用，作为原料之一加工成为栽培基质或肥料，富含多种营养物质，能够促进作物生长。