本发明提供一种多槽并联电解制氢的控制方法、系统及存储介质。本发明提供的控制方法，当多个电解槽并联使用时，可依据发电总功率与电解槽的运行状态参数的变化更新电解槽的实时目标功率，同时对电解槽的进口以及出口进行实时监测，进而保证了电解制氢系统内的精准调控与稳定运行。本发明通过对电解槽出水口温度、电解槽运行电流、电解槽单片电压设置保护措施；当上述运行状态参数超过设定范围时，判断以电解槽发生故障，并通过控制电解槽出口阀门和入口阀门，将其快速切出，对电解槽进行保护。