本发明涉及一种软土体区新建地铁隧道横穿既有隧道结构，包括既有隧道、新建地铁站、新建地铁盾构隧道和由钢管构成的管棚，既有隧道同新建地铁盾构隧道交叉且沿上下方向错开，管棚将既有隧道同新建地铁盾构隧道沿上下方向隔离开，主钢管的一端同新建地铁站的地连墙连接在一起、另一端仅通过所在区域的土体支撑且超出既有隧道的距离为既有隧道的宽度以上。本发明的软土体区新建地铁隧道横穿既有隧道结构施工方法为先施工管棚，然后施工新建地铁隧道。本发明具有能够降低新建地铁盾构隧道横穿既有隧道时对既有隧道的影响的优点，解决了建筑横穿既有隧道的新建地铁隧道队现有隧道的影响大的问题。