本发明公开了一种蒸汽发生系统及其除垢控制方法，其中蒸汽发生系统包括供水泵、加热管、水汽分离装置、排水管、温度传感器和控制器，其中所述供水泵一端与外部供水相连通，另一端分别与所述加热管、所述水汽分离装置、所述排水管相连通，所述加热管在远离于所述供水泵的一端与所述水汽分离装置相连通，所述水汽分离装置对所述加热装置加热产生的湿热蒸汽进行水汽分离后以使蒸汽往外输出且使水珠汇集于所述水汽分离装置内，所述温度传感器设置在所述加热管上，所述控制器分别与所述加热管、所述温度传感器电信连接。其结构简单，可有效提高蒸汽发生系统的加热效率，同时还可有效达到加热管上水垢清洁的目的。