本发明公开了一种综合能源交易市场不同阶段的市场效率评价方法及系统，当前综合能源市场所处阶段的市场效率评价指标集与综合能源集成交易市场的初始市场效率评价指标集比较，若需要重构市场效率评价指标集则进行重构评价指标集，对重构后的市场效率评价指标集的权重进行重构，根据重构的评价指标权重和给定的指标等级确定评价效果。通过重构评价指标集和重构评价指标权重，发现并及时修正市场体制的缺陷，从而提高市场效率，使综合能源市场制度逐渐成熟，适应于综合能源不同发展阶段的效率评价，既可以为市场成员的行为选择和监管机构的监管方案设计提供参考依据，提高生产效率，提升能源利用率，减少碳排放和单位GDP能耗。