本发明公开了一种电子档案文件管理上传方法和系统，所述方法包括：设置上传参数，将待上传文件夹拖拽上传至浏览器，在浏览器上建立树形结构的文件夹；从文件夹的外层向内依次递归上传树形结构的文件夹，在服务器自动创建对应的树形结构的文件夹，并返回每个文件夹的父文件夹id和/或当前文件夹id；根据所述父文件夹id作为当前文件夹上传参数上传到指定目录，根据所述当前文件夹id作为当前文件夹内图片的上传参数执行图片的上传。所述方法和系统通过建立父文件夹和子文件夹，其中父文件夹提供一个id，自身文件夹提供一个id，父文件夹的id作为子文件夹上传参数，通过父文件夹id可以将子文件夹上传到父文件夹指定目录位置中。