本发明属于环保工程领域，公开了一种大环内酯类抗生素菌渣的厌氧酸化脱抗的方法，步骤如下：(1)取新鲜或干燥的菌渣，按照一定比例与秸秆和/或糟渣等富含碳水化合物的生物质原料混合，并调节水分含量；(2)根据秸秆和/或糟渣中可溶性糖和乳酸菌含量，确定是否补充糖和乳酸菌，密封厌氧酸化发酵。通过微生物和低pH的共同作用，降解菌渣中的大环内酯类抗生素，实现菌渣的无害化与原料化利用。本发明充分利用我国秸秆或槽渣资源丰富和大环内酯类抗生素酸性条件下不稳定的特性，通过酸化发酵的方法，有效降解菌渣中残留大环内酯类抗生素，不需要添加外源化学试剂，处理后的发酵产物可以用来提取有机酸或堆肥，是一种经济、环保的处理方法。