本发明提供了一种生物基共聚酯及其制备方法和应用，所述生物基共聚酯中包括式(1)和式(2)所示的结构单元；上述结构中引入了联苯结构，联苯的两个苯环结构不仅能够提高玻璃化转变温度，同时，联苯结构还可破坏PBS链的规整性，从而降低PBS的结晶度，提高韧性。另外，联苯结构刚性更强，不利于分子链运动，能提高阻隔性。联苯结构由与原料单体4,4'‑联苯二甲醇引入，4,4'‑联苯二甲醇为生物基单体，可从生物质资源获得的5‑羟甲基糠醛转化得来。