本发明涉及一种纵联差动保护同步方法及装置，对通道两侧的采样偏差Ts进行周期检测，根据纵联差动保护通道两侧的采样偏差Ts的大小采取不同的采样时刻调整逻辑，对从端的采样时刻进行调整。由于采用了分层次的采样时刻调整逻辑，兼顾了调整的效率和精确度；并且在正常同步调整逻辑中采用记忆调整时间进行预调整的方式，正常同步调整过程中记忆调整时间趋近于两侧装置晶振固定1s偏差，此两侧采样偏差极小，并且调整时间均分到周期所有采样点调整，在两侧晶振性能没有大的突变情况下，调整侧的采样间隔变化小，采样均匀度好，提高了纵联差动保护两侧装置采样同步一致性和从侧采样均匀性，能有效提高差动保护性能及线路保护可靠性。