本发明公开了一种焦深自动补偿方法、装置和系统，所述方法包括：获取待切割晶圆各采集点的片厚数据并根据片厚数据形成激光切割装置切割轴各预设切割点的焦深补偿数据，采集点与预设切割点具有对应关系；确定激光切割装置切割轴的实时切割速度及实时位置；根据激光切割装置沿Z轴的移动速度、切割轴的下一预设切割点位置、第一实时位置、第一实时切割速度及下一预设切割点的焦深补偿数据，计算激光切割装置为对下一预设切割点补偿切割的移动时刻；到达该移动时刻时，启动激光切割装置对下一预设切割点进行补偿切割。本发明提供的方法，在补偿工艺需求范围内通过实时检测切割轴的位置及速度进行补偿切割，避免因速度迟延导致的焦深补偿偏差。