本发明涉及微藻培养技术领域，特别涉及一种微藻培养基及其培养方法和养殖水体的净化方法。该微藻培养基由如下组分及配比组成：硝酸钠100～500克，磷酸二氢钾50～150克，EDTA‑2Na 50～150克，六水合三氯化铁或三氯化铁20～80克，酵母浸粉500～1500克，聚氧乙烯聚氧丙烯季戊四醇醚0.5～2.5L。本发明培养基配方可使微藻极迅速扩增，活力增强，分裂能力加强，快速抵御敌害生物的侵蚀，同时本发明所述培养基配方，具有一定的原生动物及有害细菌杀灭能力，可抑制敌害生物的增长，促进微藻在水体中的快速扩培。