本发明公开一种DNA提取方法及鉴定甜瓜杂交种纯度的方法，取胚根，并将胚根磨碎；向磨碎后的胚根中添加A提取液，沸水加热，冷却至室温；加入B液，充分混匀，冷藏放置后高速离心，取上清液；所述A提取液为氢氧化钠和氯化钠的水溶液，所述B液为醋酸钾水溶液。对杂交种F1代种子纯度进行鉴定，对上清液中DNA进行SSR标记鉴定。本发明方法提取的DNA与真叶CTAB法提取的DNA扩增带型无差异，完全可以保证后续试验的有效开展，同时步骤简单、试剂种类少、安全无毒、成本低、提取过程省时省力，显著提高工作效率，更适用于规模化研究，本发明鉴定方法可以取代大田经典的形态性状鉴定方法，在甜瓜杂交种纯度及真实性的快速鉴定应用中大有潜力。