本发明公开了一种抑制模块化多电平换流器短路电流的方法及系统，包括：当确定交流系统发生需要断路器开断的故障时，控制策略生效；计算控制策略生效前一采样时刻，模块化多电平换流器MMC的外环控制器输出的第一q轴电流参考值；在所述控制策略生效的预设时间段内，控制MMC的外环控制器实时输出的第二q轴电流参考值与所述第一q轴电流参考值一致，通过所述第二q轴电流参考值对MMC的内环控制器进行控制，实现对MMC输出的短路电流的抑制。本发明能够实现不超过断路器容量限制的MMC输出电流控制，能够使得MMC输出的短路电流在策略生效时间内大幅降低，并在策略退出后恢复MMC对交流系统的无功支撑能力，可以用于MMC并网运行指导，支撑交流系统电压稳定。