一种燃料组件运输容器的运输固定方法及系统，运输固定方法包括：S1、将两个定位结构件(30)相间隔平行放置并固定在运输箱(10)的底板内；每一定位结构件(30)的至少一侧边设有定位卡槽(31)；S2、将多个燃料组件运输容器(20)以至多两层叠放在定位结构件(30)上，位于下层的燃料组件运输容器(20)的底部两端的触地足(21)分别卡合在两个定位结构件(30)的定位卡槽(31)内；位于上层的燃料组件运输容器(20)的底部两端的触地足(21)上的销槽分别与下层的燃料组件运输容器(20)的顶部两端的定位销(22)配合；S3、使用绑带(50)绕过上层的燃料组件运输容器(20)的顶部并拉紧捆绑在运输箱(10)上。具有较高的强度与可靠性，可以很好的提高运输效率；减小了运输容器(20)所用空间，提高了运输容器(20)运输燃料组件的效率。